Членови на Научниот совет се лица избрани во наставно-научни и научни звања. Во работата на Научниот совет учествува и секретарот, без право на одлучување.
Надлежности и одлучување на Научниот совет:
донесува статут на Институтот;
донесува тригодишна програма за развој и годишна програма за работа;
избира директор и му ја доставува одлуката за избор на Сенатот за потврдување,
избира заменик-директор;
избира членови во Сенатот;
му предлага на Сенатот студиски програми;
донесува програма за научноистражувачка работа;
врши избор во научни, наставно-научни и соработнички звања;
предлага број на студенти кои се запишуваат на, втор и трет циклус студии;
донесува одлука за распоред на работни задачи за наставниците и соработниците за секоја академска година;
го усвојува финансискиот план и донесува завршна сметка (финансискиот годишен извештај) во рамките на единствениот финансиски план на Универзитетот и консолидираната завршна сметка на Универзитетот;
му предлага на Универзитетот, односно кога тоа е определено со закон, на основачот, измена или проширување на дејноста во согласност со закон;
ги донесува општите акти на Институтот;
донесува мерки за создавање и усовршување на наставно-научниот подмладок и за работа со особено успешни и талентирани студенти;
донесува мерки и одлучува за унапредување на наставната, научноистражувачката и применувачката работа и за компјутерската мрежа;
избира и разрешува секретар на Институтот;
ги избира членовите на комисијата за самоевалуација и донесува упатство за евалуација на Институтот во согласност со Правилникот за стандардите и постапката за самоевалуација и надворешна евалуација што го донесува Националниот совет за високото образование и Упатството на Универзитетот;
одлучува за библиотеката, за библиотечно-информацискиот систем и за остварувањето на библиотечно-информациската и документационата дејност, во согласност со Статутот на Универзитетот и овој Статут;
одлучува за организирање на меѓународни собири, симпозиуми, советувања и слично;
одлучува за остварувањето на меѓународната соработка согласно со Статутот на Универзитетот и овој Статут;
Ја разгледува иницијативата за предвремено престанување на изборот;
Одобрува отсуства од работа на наставниот и соработничкиот кадар;
Утврдува потреба од нови наставно-научни работници и соработници;
Распишува конкурс за прв избор на наставно-научни, научни, насловни и соработнички звања и засновање на работен однос на лица кои се избрани за прв пат во соодветното звање, освен за насловните звања;
Им дава согласност на наставниците и соработниците за изведување настава на друг факултет;
Дава мислење до Сенатот заради добивање согласност наставниците и соработниците од Институтот да можат да изведуваат настава на друг универзитет;
Избира свои претставници во Одборот за соработка и доверба со јавноста;
Избира членови на дисциплинската комисија за одговорност на студентите;
По претходно добиено одобрение од Ректорската управа поканува визитинг-наставници, афирмирани научници и стручњаци од практиката;
Склучува договори за соработка со странски универзитети согласно со Законот за високото образование;
Одлучува за склучување на договори за двојна диплома (double degree) или заедничка студиска програма (joint degree) согласно со Законот за високото образование;
Организира различни облици на неформално учење согласно со Законот за високото образование;
Избира членови на рецензентски и други комисии;
Донесува одлука за започнување на постапката за избор на директор;
Формира изборна комисија за спроведување постапка за избор на директор;
Донесува деловник за работа на органите и телата на Институтот;
Врши и други работи утврдени со закон, Статутот на Универзитетот, со овој Статут и со другите акти на Универзитетот и на Институтот.